ویژگی های فعلی PerlPrimer شامل موارد زیر است:محاسبه پرایمر-دایمرهای ممکنبازیابی توالی های ژنومی یا cdna از Ensembl (شامل هر دو توالی به طور خودکار برای QPCR)امکان جستجوی
پرایمرهای BLAST با استفاده از سرور NCBI یا یک سرور محلینتایج را می توان ذخیره کرد یا به صورت اختیاری در قالبی جدا شده از برگه که با اکثر برنامه های صفحه گسترده سازگار است صادر کرد.الگوریتم های تشخیص جزیره ORF و CpGقابلیت افزودن توالی های شبیه سازی به پرایمرها که به طور خودکار به صورت درون فریم تنظیم می شوند
طراحی پرایمر QPCR بدون ورود دستی مرز اینترون اگزونPerlPrimer دمای ذوب پرایمر را با استفاده از پارامترهای ترمودینامیکی گسترده نزدیکترین همسایه J. SantaLucia محاسبه می کند. برای تنظیم شرایط نمک PCR، PerlPrimer از فرمول تجربی مشتق شده توسط فون آهسن و همکاران استفاده می کند. (2001) و به کاربر اجازه می دهد غلظت Mg2+، dNTPs و پرایمرها را مشخص کند یا از شرایط استاندارد PCR استفاده کند. نتیجه پیش بینی بسیار دقیق دمای ذوب پرایمر است که باعث می شود حداکثر بازده محصول در هنگام تقویت شود.PerlPrimer به زبان Perl و Perl/Tk نوشته شده است. علاوه بر این، برای عملکرد QPCR، PerlPrimer از منبع باز Spidey قابل اجرا از NCBI استفاده می کند، و داده های آنزیم محدود پروژه REBASE هنگام اضافه کردن سایت های شبیه سازی استفاده می شود. این برنامه به گونه ای طراحی شده است که با چند پلتفرم سازگار باشد و بر روی هر دو سیستم عامل مایکروسافت ویندوز و سیستم عامل های مبتنی بر گنو/لینوکس توسعه و آزمایش شده است. کاربران همچنین موفقیت در استفاده از برنامه تحت سیستم عامل Mac OS X را گزارش کرده اند.لطفا در صورت مفید بودن این برنامه به مرجع زیر مراجعه کنکوری ها...
ادامه مطلبما را در سایت کنکوری ها دنبال می کنید
برچسب : نویسنده : kunkoriha بازدید : 115 تاريخ : يکشنبه 27 آذر 1401 ساعت: 19:29